La enfermedad fue notificada por primera vez en Filipinas en 1906, ya en 1921 se estimaba que entre 25.000 y 30.000 personas estaban infestadas. Durante la segunda guerra mundial entre 1944 a 1945, 1.700 casos fueron notificados entre militares estadounidenses y australianos que servían en Filipinas.
En 1948 se hizo una estimación de que 300.000 filipinos estaban infestados. En 1970, se supo que la enfermedad era endémica en 24 provincias. La población considerada de riesgo en 1975 era de 5 millones de personas (aproximadamente 1 millón infectadas). En 2002, se calcula que 800.000 estaban infestadas y 6.7 millones estaban en riesgo; Y a partir de 2010, se estima que 560.000 estaban infestadas.
En los últimos años, se han notificado casos en Mindoro Oriental y Sorsogon en el sur de Luzón; Las provincias de Samar Norte, Este y Occidental; Leyte; Bohol en el este de Visayas; Todo Mindanao con la excepción de Misamis Oriental, Davao Oriental y Maguindanao. La esquistosomiasis es más común entre los varones, y las personas mayores de 19 años.
La infestación por Schistosoma japonicum es común entre los perros, los búfalos de agua de campo (Carabao) y las ratas en Leyte. El reservorio de caracol local es Oncomelania hupensis quadrasi.
