La esquistosomiasis genital, habitualmente producida por S. haematobium se produce cuando los gusanos atraviesan las venas de drenaje de a vejiga y órganos genitales. Ocasionando lesiones a nivel de la mucosa de la zona y produciendo un sangrado secundario.
Se postula que la esquistosomiasis genital femenina puede ser una de las explicaciones de la alta tasa de VIH femenino en África (60%), mientras que en el resto del mundo la mayoría de afectados son hombres. Según un artículo publicado en Zimbabwe el riesgo de la mujer de contraer el VIH sería 3 veces superior al padecer la esquistosomiasis.